(Mail du 05/07/2023)
Migration sur le nouveau cluster et dates limites
Chers utilisateurs,
Ce message a pour objectif de vous informer des conséquences du renouvellement de l’infrastructure de calcul Genotoul-Bioinfo.
Nous souhaitons conclure la migration du cluster « genologin » vers le nouveau cluster « genobioinfo » fin décembre 2023.
Nous avons présenté les changements et la nouvelle infrastructure lors d’un séminaire dédié.
Vous trouverez la présentation qui contient de nombreuses informations utiles sur ce lien : http://genoweb.toulouse.inra.fr/~formation/cluster/doc/SEMINAIRE_MIAT_2023.pdf
Toutes vos données et vos travaux devront être transférés et si besoin adaptés d’ici la fermeture.
Vous trouverez ci-dessous quelques informations supplémentaires vous permettant cette migration :
Le nouveau cluster « genobioinfo » est accessible via la commande suivante :
ssh login_utilisateur@genobioinfo.toulouse.inrae.fr
Transfert des données
Les données qui sont dans le save ne doivent pas être transférées. Elles sont partagées entre l’ancienne et la nouvelle infrastructure.
Les données qui sont dans le /home et le /work ne sont PAS récupérées.
Si vous souhaitez récupérer les données depuis votre espace disque personnel /work/username, alors vous pouvez utiliser la commande suivante (depuis le nouveau serveur genobioinfo ou via slurm : sbatch ou srun) :
rsync -avh /oldwork/username/ /work/user/username/
(voir diapo numéro 46 du séminaire)
Les données qui sont dans les espaces projets (/work/project) seront transférées par notre équipe. Vous serez contacté·e pour cela au fur et à mesure des renouvellements de contrats ou bien en fonction de vos demandes (extensions d’espace disques, arrivée d’une nouvelle personne dans le projet, utilisation de nouveaux logiciels…)
Pour planifier la migration de vos machines virtuelles, veuillez nous contacter : support.bioinfo.genotoul@inrae.fr
Changements
La nouvelle infrastructure diffère de la précédente sur les points suivants :
· L’espace disque /save/username s’appelle désormais /save/user/username
· L’espace disque /work/username s’appelle désormais /work/user/username
· Il n’y a plus de partition smpq : tous les nœuds de calcul sont à grosse mémoire partagée
· modules : les noms des modules précédents ne sont pas repris, et diffèrent légèrement.
· chemins vers les exécutables : l’organisation des fichiers contenant les exécutables n’est pas la même.
· logiciels : tous les logiciels ne sont pas réinstallés sur le nouveau cluster « genobioinfo » ?
Pour faire une demande d’installation : https://bioinfo.genotoul.fr/index.php/ask-for/install-soft/ (cf à partir de la diapo 30 du séminaire)
A partir de mi-septembre 2023, plus aucun logiciel ne sera installé sur l’ancien cluster « genologin ».
Dès à présent, les installations sur le nouveau cluster sont prioritaires.
Les vacances entraînant un support réduit durant cet été, nous vous invitons à faire vos demandes d’installation au plus tôt.
A partir de mi-septembre, les quotas d’heures de calcul ne seront plus augmentés sur l’ancien cluster « genologin ».
Des dispositions particulières pourront être discutées pour les projets dans l’impossibilité de migrer à cette date.
Nous sommes, comme toujours, à votre disposition si vous avez des questions ou des difficultés à utiliser la nouvelle infrastructure (support.bioinfo.genotoul@inrae.fr).
Bien cordialement,
L’équipe de la plateforme GenoToul-Bioinfo.