La plateforme met a disposition un ensemble de logiciels :
- via le web,
- en ligne de commande.
Ces logiciels sont listés dans les tableaux ci-dessous.
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Logiciels disponibles via le web
| |
Logiciel |
Description |
Type |
 |
ncbi-blast |
Recherche de similarité dans des banques de données, NCBI Blast |
Recherche de similarités |
 |
EMBOSS |
Le Package EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) est une suite logicielle développée par l'EBI et l’institut SANGER. La suite comprend programmes, utilitaires et banques de séquences qui permettent de couvrir l’ensemble des besoins élémentaires dans le domaine de l’analyse et de l’exploitation des séquences biologiques. |
Suite logicielle |
| EuGène'Hom |
EuGène'Hom |
EuGène'Hom est un logiciel de prédiction de gènes pour les Eucaryote basé sur l'analyse comparative. |
Outil d'annotation |
| FrameD |
FrameD |
Prédiction de gènes dans des organisme Prokaryote ou de transcrit |
Outil d'annotation |
| Iccare |
Iccare |
Iccare est un outil pour l'analyse comparative |
Outil d'annotation |
| Multalin |
Multalin |
Programme d'alignement multiple de séquences génomiques et protéiques |
Alignement multiple |
Logiciels disponibles en ligne de commande
Alignement de séquences
| Logiciel | Version | Type | Origine |
| AlignAce |
4.0 |
Recherche de similarités |
Origine
|
| Aligns Nucleic Acid Conserved Elements : est un programme qui trouve des éléments de séquence conservés dans un ensemble de séquences d'ADN |
| Blat |
34 |
Recherche de similarités |
Origine
|
| The BLAST-Like Alignment Tool : Recherche de similarité dans des banques de données |
| ncbi-blast |
2.2.20 |
Recherche de similarités |
Origine |
| Recherche de similarité dans des banques de données, NCBI Blast |
| wu-blast |
2 |
Recherche de similarités |
Origine
|
| Recherche de similarité dans des banques de données, Washington University Blast |
| bwa |
0.5.5 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement via la transformation de Burrows-Wheeler |
| clustalw |
2.0.10 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement multiple de séquences protéiques ou nucléiques |
| Dialign |
2 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement de séquences protéiques et nucléiques, basé sur une comparaison de segments de séquences |
| Fasta |
35.4.7 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement de séquences |
| Gth |
1.3.0 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| GenomeThreader : Alignement épissé d'une banque de cDNAs ou de protéines contre une banque génomique (Licence uniquement pour les académiques) |
| Multalin |
5.41 |
Alignement de séquences. |
Origine
|
| Alignement multiple de séquences |
| MUMmer |
3.2.1 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement de génomes complets |
| Muscle |
3.7 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignements multiples de séquences nucléiques ou protéiques |
| quickdist |
|
Alignement de séquences |
Origine
|
| Calcul deux à deux de matrices de distance entre les séquences d'un alignement multiple |
| ReAligner |
|
Alignement de séquences |
Origine |
| Calcul du consensus à partir d'un alignement de contig. |
| samtools |
0.1.7 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| SAM (Sequence Alignment/Map) |
| SIBsim4 |
4.0.17 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| évolution de Sim4 : alignement d'EST sur des séquences génomiques |
| Sim4 |
2002-03-03 |
Alignement de séquences |
Origine
|
| Alignement d'EST sur des séquences génomiques |
Annotation
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| Apollo |
10.0.x |
Annotation |
Origine
|
| Environnement d'annotations expert |
ARNnc
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| erpin |
|
ARNnc |
Origine
|
| « Easy RNA Profile IdentificatioN » |
| RNA Vienna Package |
1.8.2 |
ARNnc |
Origine
|
| La suite Vienna RNA est dédiée à la prédiction et à la comparaison des structures secondaires des ARN |
| RNAmmer |
1.2 |
ARNnc |
Origine
|
| Recherche d'ARN ribosomique |
| SnoGPS |
1.0 |
ARNnc | Origine
|
| Recherche de gènes snoRNA H/ACA dans une séquence génomique |
| tRNAscan-SE |
1.23 |
ARNnc |
Origine
|
| Prédiction d'ARN de transfert |
Assemblage
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| abyss |
1.0.16 |
Assemblage |
Origine
|
| « Assembly By Short Sequences » - Outil pour assembler de novo en parallèle et pouvant utiliser de paired-ends. |
| Amos |
2.0.8 |
Assemblage |
Origine
|
| « A Modular, Open-Source whole genome assembler » |
| asm2ace |
|
Assemblage |
Origine
|
| Outil de conversion du format « Celera ASM » au format Consed ACE ou CAF |
| bambus |
2.33 |
Assemblage |
Origine
|
| Outil pour orienter et ordonner les contigs dans des Scaffolds |
| Cap3 |
|
Assemblage |
Origine |
| Un outil d'assemblage de séquences nucléiques en contig |
| clview |
|
Assemblage |
Origine
|
| Visualisateur d'assemblage |
| Consed |
1.9 |
Assemblage |
Origine
|
| Consed est un outil pour la visualisation, l'édition et la finition des séquences assemblées avec phrap |
| edena |
2.1.1 |
Assemblage |
Origine
|
| Assemblage de novo de « very short reads » de même longueur |
| Euler |
2.0.10 |
Assemblage |
Origine
|
| Assembleur |
| Euler-SR |
1.1.2 |
Assemblage |
Origine
|
| Assembleur ShortRead |
| Maq |
0.7.1 |
Assemblage |
Origine
|
| Construit la cartographie des assemblages à partir de courtes lectures générées par les machines de séquençage nouvelle génération |
| mira |
2.8.3 |
Assemblage |
Origine
|
| Assemblage shotgun : sanger, 454, illumina/solexa |
| newbler |
2 |
Assemblage |
Origine
|
| Assembleur de Roche pour le 454 |
| Oases |
0.1.07 |
Assemblage |
Origine
|
| Assemblage de novo de « very short reads » |
| Phred/Phrap |
1.08 |
Assemblage |
Origine
|
| Analyse des données issus du séquenceur |
| ssaha2 |
2.4 |
Assemblage |
Origine
|
| Assemblage sur un génome de référence |
| velvet |
0.7.55 |
Assemblage |
Origine
|
| Assemblage de novo de « very short reads » |
| wgs-5.3 |
5.3 |
Assemblage |
Origine
|
| Assembler : Whole-Genome Shotgun Sequencing |
Carte génétique
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| Carthagene |
1.1 |
Carte génétique |
Origine
|
| Logiciel d'ordonnancement de marqueurs plus particulièrement dédié au problème de construction de cartes jointes pour des pedigrees simples (backcross, intercross, outbreds et hybrides irradiés, populations multiples) |
Motif
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| MEME |
3.5.4 |
Motif |
Origine |
| Recherche de motifs |
| patscan |
|
Motif |
Origine
|
| Recherche de motifs dans des séquences protéiques et nucléiques |
Nettoyage de séquences
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| PCAP |
|
Nettoyage |
Origine
|
| Nettoyage de séquences avant assemblage |
| pyrocleaner |
1.0 |
Nettoyage |
Origine
|
| Nettoyage de séquences avant assemblage |
Phylogénie / Metagénomique
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| Megan |
|
Phylogénie / Metagénomique |
Origine
|
| Metagenome Analysis Software |
| Mothur |
1.9 |
Phylogénie / Metagénomique |
Origine
|
| the one-stop source for your computational microbial ecology needs |
| Phylip |
3.98 |
Phylogénie / Metagénomique |
Origine
|
| PHYLIP (PHYLogeny Inference Package), est un package de 34 programmes dédiés à la reconstruction phylogénétique |
| rdp_classifier |
2 |
Phylogénie / Metagénomique |
Origine
|
| Naive Bayesian Classifier for Rapid Assignment of rRNA Sequences into the New Bacterial Taxonomy |
Protéine
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| InterProScan |
4.6 |
Protéines |
Origine
|
| Recherche de domaines protéiques dans la banque InterPro |
| pft |
2.2 |
Protéines |
Origine
|
| "pftools" est une collection de programmes expérimentaux pour rechercher des profils PROSITE |
| prot4EST |
2.2 |
Protéines |
Origine
|
| Prédiction de peptides putatifs à partir d'EST |
| SignalP |
3 |
Protéines |
Origine
|
| Prédiction de site peptidique |
| TargetP |
1.1 |
Protéines |
Origine
|
| Localisation subcellulaire des protéines |
| TMHMM |
2 |
Protéines |
Origine
|
| Prédiction d'hélices transmembranaires |
Répétitions
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| RepeatMasker |
3.2.7 |
Répétition |
Origine
|
| Recherche de zones à faible complexité |
| TRF |
|
Répétition |
Origine
|
| Logiciel de recherche de séquences répétées en tandem |
SNP
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| PolyPhred |
6.15 |
SNP |
Origine
|
| Analyse des données issus du séquenceur |
Utilitaires
| Logiciel | Version | Type | Origine |
|---|
| R |
2.11.0 |
Statistiques |
Origine
|
| Logiciel pour des calculs statistiques |
| BioinfoUtils |
|
Utilitaires |
Origine
|
| Librairies d'utilitaires développés par la plateforme |
| biopython |
1.51 |
Utilitaires |
Origine
|
| Librairie python pour la biologie |
| EMBOSS |
6.0.1 |
Utilitaires |
Origine
|
| La suite comprend programmes, utilitaires et banques de séquences qui permettent de couvrir l’ensemble des besoins élémentaires dans le domaine de l’analyse et de l’exploitation des séquences biologiques |
| GenomeTools | 1.3.3 | Utilitaires | Origine |
| Collection d'outils bioinformatique. |
| numpy | 1.3.0 | Utilitaires | Origine |
| Bibliothèque python pour le calcul scientifique |
| PyCogent | 1.0.16 | Utilitaires | Origine |
| Librairie python pour la biologie |
| ReadSeq | | Utilitaires | Origine |
| Conversion de formats de sequence |
|
