Les ressources de la plateforme

Les ressources mises à disposition de la communauté scientifique sont :

1. les compétences d'une équipe d'informaticiens et de bio-informaticiens
2. la capacité de traitement de l'infrastructure de calcul
3. la capacité de stockage et de mise à disposition de données des serveurs
4. l'accès aux banques de données généralistes ou spécialisées
5. les logiciels de la communauté bio-informatique

Les missions

Les missions de la plateforme bioinformatique se déclinent autour de 9 points :

1. Offrir à la communauté locale une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante
2. Communiquer sur l'évolution des matériels, logiciels, sur les différentes actions entreprises sur la plateforme
3. Former les utilisateurs
4. Fournir un appui aux autres plateformes locales
5. Fournir un appui bioinformatique aux programmes scientifiques prioritaires de biologie et de bioinformatique
6. Proposer une animation autour de la plateforme bioinformatique
7. Mettre à disposition des postes de travail "encadrés" à proximité de la plateforme
8. Répondre aux demandes d'expertise
9. Développer des programmes en concertation avec la communauté locale et les autres Génopoles.

L'organisation de la plate-forme

L'organisation de la plate-forme comporte trois niveaux

1. le GIS génopole qui anime et coordonne les différentes plate-formes,
2. le CU qui propose, hiérarchise et suit les projets de la plate-forme,
3. l'équipe plateforme qui définit et met en oeuvre la stratégie et gère l'ensemble des projets conduits par la plate-forme.

Les publications

Les publications listées ci-dessous ont obtenu leurs résultats en s'appuyant sur les infrastructures et/ou moyens humains et/ou moyens financiers apportés par la plateforme Bioinformatique.

2010

• Functional metagenomics to mine the human gut microbiome for dietary fiber catabolic enzymes. Lena Tasse, Juliette Bercovici, Sandra Pizzut-Serin, Patrick Robe, Julien Tap, Christophe Klopp, Brandi L. Cantarel, Pedro M. Coutinho, Bernard Henrissat, Marion Leclerc, Joël Doré, Pierre Monsan, Magali Remaud-Simeon and Gabrielle Potocki-Veronese. Genome Research. 2010. (In Press)

• Leroux, S. Feve, K. Vignoles, F. Bouchez, O. Klopp, C. Noirot, C. Gourichon, D. Richard, S. Leterrier, C. Beaumont, C. Minvielle, F. Vignal, A. Pitel, F.
  Non PCR-amplified Transcripts and AFLP fragments as reduced representations of the quail genome for 454 Titanium sequencing.
  BMC Res Notes 2010/3/214 see

• Rafael Pont-Lezica, Zoran Minic, David Roujol, Hélène San Clemente, Elisabeth Jamet Plant cell wall functional genomics: Novelties from proteomics
  Advances in Genetics, volume 1, MA Osborne (Ed.) (2010) chapter 10 see
  
  
• Beaume, M., Hernandez, P., Farinelli, L., Deluen, C., Linder, P., Gaspin, C., Romby, P., Schrenzel, J., Francois, Cartography of Methicillin-Resistant S. aureus Transcripts: Detection, Orientation and Temporal Expression during Growth Phase and Stress ConditionsP., PLoS ONE 5(5): e10725. doi:10.1371/journal.pone.0010725. see

• Jaulneau, V., Lafitte, C., Jacquet, C., Fournier, S., Salamagne, S., Briand,X., Esquerré-Tugayé, M.T., Dumas, B. (2010) Ulvan, a sulfated polysaccharide from green algae, activates plant immunity through the jasmonic acid signaling pathway. J. Biomed. Biotechnol. see

2009

• Lelandais-Brière C, Naya L, Sallet E, Calenge F, Frugier F, Hartmann C, Gouzy J, Crespi M. Genome-Wide Medicago truncatula Small RNA Analysis Revealed Novel MicroRNAs and Isoforms Differentially Regulated in Roots and Nodules. Plant Cell. 2009 Sep 18. see

• Tian X., Pascal G. and Monget P. (2009). Evolution and functional divergence of NRLP genes in mammalian reproductive systems. BMC Evol. Biol. 2009 August 14. doi: 10.1186/1471-2148-9-202. see
  

• Geissmann T, Chevalier C, Cros MJ, Boisset S, Fechter P, Noirot C, Schrenzel J, François P, Vandenesch F, Gaspin C, Romby P. A search for small noncoding RNAs in Staphylococcus aureus reveals a conserved sequence motif for regulation. Nucleic Acids Res. 2009 Sep 28.see

• D. Rengel, H. San Clemente, F. Servant, N. Ladouce, E. Paux, P. Wincker, A. Couloux, P. Sivadon, J. Grima-Pettenati,  A new genomic resource dedicated to wood formation in Eucalyptus. BMC Plant Biol. 2009 Mar 27;9:36. see

2008

• E. Gaulin, M.-A. Madoui, A. Bottin, C. Jacquet, C. Mathé, A. Couloux, P. Wincker, and B. Dumas,  Transcriptome of Aphanomyces euteiches: New Oomycete Putative Pathogenicity Factors and Metabolic Pathways,
  PLoS ONE. 2008; 3(3): e1723. see

• H. Grosjean, C. Gaspin, C. Marck, W.A. Decatur and V. de Crécy-Lagard,
  RNomics and Modomics in the halophilic archaea Haloferax volcanii: identification of RNA modification genes.
  BMC Genomics. 2008 Oct 9;9:470.see

• O. Filangi, Y. Beausse, A. Assi, L. Legrand, J.-M. Larré, V. Martin, O. Collin, C. Caron, H. Leroy and D. Allouche,
  BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing. Bioinformatics. 2008 Aug 15;24(16):1823-5.see

• Saillard C, Carle P, Duret-Nurbel S, Henri R, Killiny N, Carrère S, Gouzy J, Bové,JM, Renaudin J, Foissac X.
  The abundant extrachromosomal DNA content of the Spiroplasma citri GII3-3X genome. BMC Genomics. 2008 Apr 28;9:195.see

• Ruffel S, Freixes S, Balzergue S, Tillard P, Jeudy C, Martin-Magniette ML, van der Merwe MJ, Kakar K, Gouzy J, Fernie AR, Udvardi M, Salon C, Gojon A, Lepetit M, Systemic signaling of the plant nitrogen status triggers specific transcriptome responses depending on the nitrogen source in Medicago truncatula. Plant Physiol. 2008 Apr;146(4):2020-35.see

• E. Courcelle, Y. Beausse, S. Letort, O. Stahl, R. Fremez, C. Ngom-Bru, J. Gouzy, and T. Faraut, Narcisse: a mirror view of conserved syntenies,
  Nucleic Acids Res. 2008 January; 36(Database issue): D485–D490. see

• C. Noirot, C. Gaspin, T. Schiex, and J. Gouzy.
  LeARN: a platform for detecting, clustering and annotating non-coding RNAs BMC Bioinformatics. 2008; 9: 21. see

2007

• M.-A. Madoui, E. Gaulin, C. Mathé, H. San Clemente, A. Couloux, P. Wincker, and B. Dumas. AphanoDB: a genomic resource for Aphanomyces pathogens. BMC Genomics. 2007; 8: 471. see

• Bouyssié D, Gonzalez de Peredo A, Mouton E, Albigot R, Roussel L, Ortega N, Cayrol C, Burlet-Schiltz O, Girard JP, Monsarrat B. Mascot file parsing and quantification (MFPaQ), a new software to parse, validate, and quantify proteomics data generated by ICAT and SILAC mass spectrometric analyses: application to the proteomics study of membrane proteins  from primary human endothelial cells. Mol Cell Proteomics. 2007 Sep;6(9):1621-37.

• Enault F, Fremez R, Baranowski E, Faraut T Alvira: comparative genomics of viral strains.Bioinformatics. 2007 Aug 15;23(16):2178-9. Epub 2007 Jun 5. See

• Fremez R, Faraut T, Fichant G, Gouzy J, Quentin Y Phylogenetic exploration of bacterial genomic rearrangements. Bioinformatics. 2007 May 1;23(9):1172-4. Epub 2007 Mar 1. See

• Gourraud PA, Hoffman D, Cambon-Thomsen A, Feolo M 14th International HLA and Immunogenetics Workshop: report on mapping microsatellite markers in the major histocompatibility complex region.
  Tissue Antigens. 2007 Apr;69 Suppl 1:206-9 See

• Gourraud PA, Dieudé P, Boyer JF, Nogueira L, Cambon-Thomsen A, Mazières B, Cornélis F, Serre G, Cantagrel A, Constantin A
  A new classification of HLA-DRB1 alleles differentiates predisposing and protective alleles for autoantibody production in rheumatoid arthritis.
  Arthritis Res Ther. 2007;9(2):R27. See

Avant 2006

• Thebault P, de Givry S, Schiex T, Gaspin C.
  Searching RNA motifs and their intermolecular contacts with constraint networks.
  Bioinformatics. 2006 Sep 1;22(17):2074-80. Epub 2006 Jul 4. See

• Carrere S, Gouzy J
  REMORA: a pilot in the ocean of BioMoby web-services.
  Bioinformatics. 2006 Apr 1;22(7):900-1. Epub 2006 Jan 19. See

• Gourraud PA, Lamiraux P, El-Kadhi N, Raffoux C, Cambon-Thomsen A
  Inferred HLA haplotype information for donors from hematopoietic stem cells donor registries.
  Hum Immunol. 2005 May;66(5):563-70. Epub 2005 Mar 3.See

• Muller C, Denis M, Gentzbittel L, Faraut T.
  The Iccare web server: an attempt to merge sequence and mapping information for plant and animal species.
  Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W429-34. See

• Foissac S, Bardou P, Moisan A, Cros MJ, Schiex T.
  EUGENE'HOM: A generic similarity-based gene finder using multiple homologous sequences.
  Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3742-5. See

• Schiex T, Gouzy J, Moisan A, de Oliveira Y.
  FrameD: A flexible program for quality check and gene prediction in prokaryotic genomes and noisy matured eukaryotic sequences.
  Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3738-41. See

• Gouet P, Robert X, Courcelle E.
  ESPript/ENDscript: Extracting and rendering sequence and 3D information from atomic structures of proteins.
  Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3320-3. See

• Gouet P, Courcelle E.
  ENDscript: a workflow to display sequence and structure information.
  Bioinformatics. 2002 May;18(5):767-8. See

• Clotilde Claudel-Renard, Claude Chevalet, Thomas Faraut and Daniel Kahn.
  Enzyme-specific profiles for genome annotation: PRIAM
  Nucleic Acids Research, 2003, Vol. 31, No. 22 6633-6639. See

• Salanoubat, M., Genin, S., Artiguenave, F., Gouzy, J., Mangenot, S., Arlat, M., Billault, A., Brottier, P., Camus, J.C., Cattolico, L. , Chandler, M. , Choisne, N., Claudel-Renard, C., Cunnac, S., Demange, N., Gaspin, C. , Lavie, M., Moisan, A., Robert, C., Saurin, W., Thébault, P., Schiex, T., Siguier P., Whalen, M., Wincker, P. , Levy, M. , Weissenbach, J. &. Boucher, C.A. (2002).
  Genome sequence of the plant pathogen Ralstonia solanacearum.
  Nature. 2002 Jan 31;415(6871):497-502. See